Фамилия Копанайко — яркий пример восточнославянской фамилии, образованной по украинской модели. Её основа — глагол «копати» (копать), а суффикс -айко указывает на лицо, выполняющее действие. В украинской ономастике суффикс -айко (как и -ейко, -яйко) нередко придаёт прозвищу оттенок просторечия или пренебрежения: Копанайко — это «тот, кто постоянно копает», «копун», «копатель». В отличие от нейтрального Копань или Копанец, форма на -айко звучит как устойчивое прозвище, закреплённое за конкретным человеком.

Словообразовательная цепочка проста: глагольная основа «коп-» + суффикс деятеля -айк- + окончание -о. Такая модель типична для украинских фамилий (сравните: Шведайко, Стукайко, Гуляйко) и встречается в основном на территории Правобережной Украины, особенно в Черкасской, Киевской и Винницкой областях. Российские фамилии с этим суффиксом редки, поэтому Копанайко почти наверняка имеет украинские корни.

Что могло лежать в основе прозвища? Первая и самая очевидная версия — род занятий: землекоп, могильщик, рудокоп или крестьянин, вручную обрабатывающий землю. Вторая версия — поведенческая: так могли прозвать медлительного, «роющегося» человека, который всё делает неспешно и основательно. Третья, менее вероятная, — топонимическая: Копанайко мог получить прозвище по названию села Копани или Копань, но тогда фамилия скорее приняла бы форму Копанский или Копанец.

В документах фамилия встречается с XIX века, преимущественно в метрических книгах Киевской губернии. Сословная принадлежность носителей — почти исключительно крестьянство и казачество, что подтверждает «земляную» версию происхождения. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.

Обратите внимание на ударение: в украинском языке оно падает на последний слог — Копанайко́, но в русской среде часто смещается на третий — Копана́йко. Оба варианта допустимы, хотя исторически верным считается первый.