Фамилия Копаненко образована по типичной для украинской ономастики модели с суффиксом -енко. В буквальном смысле она означает «маленький Копан» или «потомок Копана». Суффикс -енко в XVII–XVIII веках активно использовался в Поднепровье и на Левобережной Украине, вытесняя старые формы на -ович, и сейчас остаётся самым узнаваемым маркером украинских фамилий.

Основа «Копан» — это прозвище, которое могло возникнуть двумя путями. Самое прямое объяснение: от глагола «копать». Копаном называли землекопа, могильщика или человека, который рыл пруды и канавы. В украинских говорах «копань» — это яма для воды, пруд, а в некоторых регионах — специально вырытая яма для хранения зерна. Так что предок мог быть либо мастером по таким работам, либо жить возле выкопанного водоёма.

Менее очевидная, но тоже реальная версия: прозвище Копан могло произойти от названия села Копани или Копаное. Таких топонимов на юге и западе России и Украины десятки. В этом случае фамилия указывает на выходца из конкретного места — человека, который «с Копаней». В пользу этой гипотезы говорит то, что фамилия Копаненко и сегодня чаще встречается на Украине, особенно в центральных и южных областях, где таких названий много.

В русском контексте фамилия могла появиться при переселении украинцев на Кубань, Дон и в Поволжье в XVIII–XIX веках. Там она попала в русскую среду, но сохранила свою форму. Встречается и вариант Копаненков, который уже адаптирован к русской модели фамилий на -ов.

Сословная принадлежность Копаненко не зафиксирована в дворянских книгах, и это не случайно: прозвище по ремеслу или месту жительства чаще всего получали крестьяне и казаки. В реестрах запорожских казаков встречаются однофамильцы с похожими основами — Копан, Копанец, что подтверждает вероятную казацкую среду происхождения.