Фамилия Копаницин — редкий случай, когда в основе лежит не прозвище или имя, а географическое название. Всё указывает на то, что родоначальник был выходцем из деревни Копаницы. Таких деревень в России несколько, и все они сосредоточены на северо-западе: одна в Псковской области, другая в Ленинградской. Именно этот регион и стоит считать вероятной родиной фамилии.

Название самой деревни спорное по происхождению. Самая прямая версия ведёт к украинскому слову «копаниця» — так называли род заступа или мотыги, а также полозья саней. Но здесь нужно сделать поправку: для псковских и ленинградских земель украинское слово — чужеродное. Скорее всего, «копаница» в местных говорах имела своё, более прозаичное значение — выкопанный пруд или канава, то есть объект, созданный копанием. Деревню могли назвать по такому водоёму или по роду занятий жителей, которые рыли каналы или добывали торф.

Фамилия образована по типичной севернорусской модели: название селения + суффикс -ин. В отличие от центральных областей, где преобладает -ов/-ев, на Русском Севере и в прилегающих землях (куда входит и Псковщина) фамилии на -ин от топонимов встречаются чаще. Копаницин буквально означает «человек из Копаниц».

Сословный состав носителей фамилии мог быть разным. Среди Копанициных встречались и крестьяне, и мещане, но — что редкость для такой локальной фамилии — были и представители духовенства. В XIX веке в Псковской губернии известен священник с этой фамилией, что говорит о том, что фамилия не закрепилась жёстко за одним сословием.

Однокоренных фамилий в России немного. Встречаются Копаницын и Копанищев, но все они образованы от той же основы «копань» — яма, ров, копань. Копаницин стоит особняком: он привязан не к общему понятию, а к конкретному топониму, что делает его более узким и географически определённым.