Фамилия Копчунов образована по простой и прозрачной модели: основа Копчун + суффикс -ов. Суффикс указывает на принадлежность — буквально «сын Копчуна» или «из семьи Копчуна». Основа здесь — прозвище Копчун, которое, в свою очередь, восходит к глаголу «коптить» или существительному «копоть». Самый прямой путь: Копчуном могли называть человека, который постоянно возился с дымом, копотью, сажей — например, печника, трубочиста или работника коптильни, где заготавливали рыбу и мясо. В русских говорах слово «копчун» фиксируется и в переносном значении — так могли обозвать неряшливого, чумазого человека или, наоборот, того, кто «коптит небо», то есть живёт праздно.

Менее очевидная, но возможная версия: прозвище Копчун могло быть образовано от имени Коптя (Коптёна, Копчука) — уменьшительной формы от канонического имени Коприй (от греческого «копрос» — навоз). В этом случае связь с копотью вторична, а основа — церковное имя, которое на Руси часто переделывали в бытовые прозвища. Однако для фамилии Копчунов такая гипотеза слабее: суффикс -ун в прозвищах чаще указывает на деятеля (по аналогии с «говорун», «бегун»), что поддерживает версию о ремесле или характерной черте.

Фамилия относится к числу сравнительно редких. Географически она тяготеет к южнорусским и украинским областям, где суффикс -ун в прозвищах встречается чаще, чем на севере. Встречаются варианты написания Копчунов и Копчуннов (с удвоенной «н»), но нормативным считается первый, с одной «н». Родственные фамилии — Коптев, Коптяев, Копылов — образованы от тех же корней, но с другими суффиксами, что указывает на разные способы именования в одной семье или соседних сёлах.

В социальном плане носители фамилии Копчунов, скорее всего, происходили из крестьян или посадских людей, занятых ремеслом, связанным с огнём и дымом. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.