Фамилия Копыстинский — редкий пример, где географическая привязка просматривается почти наверняка, а вот с корнем всё сложнее. Она явно образована по модели притяжательных прилагательных с суффиксом -ск-, который в восточнославянской ономастике указывает на происхождение от названия места: села, деревни, урочища. Носитель такой фамилии — «тот, кто родом из Копыстина» или «из Копыстинок».

Вопрос упирается в основу «Копыст-». Самый прямой путь — связать её с диалектным словом «копыст» или «копыта». В северных и сибирских говорах «копыстом» называли грубую, неуклюжую вещь или, реже, самого неуклюжего человека. Но более вероятно, что в основе лежит не прозвище, а название населённого пункта. На территории современной Украины известно село Копыстин (Хмельницкая область). Если фамилия действительно оттуда, то её носители — потомки выходцев из этого села, что типично для польской и западнорусской шляхты, бравшей фамилии по владениям.

Менее распространённая версия — отчество от прозвища Копыста, где суффикс -ин- в промежуточной форме (Копыстин) потом нарастили -ский. Такое встречалось у мещан и духовенства, когда старую фамилию «облагородили» книжным суффиксом. Однако для фамилии с -ский первична топонимическая природа.

Написание фамилии устойчиво: двойное «с» в суффиксе — норма для русской и украинской традиции. В польском варианте было бы Kopystyński. Встречаемость фамилии крайне низкая, что подтверждает её локальное происхождение: скорее всего, она сформировалась в одном или двух соседних уездах и не разошлась широко.