Фамилия Копытон — редкая и нестандартная по своей структуре. В русской ономастике она выделяется тем, что образована не с помощью типичного суффикса (-ов, -ин, -ский), а напрямую от прозвища, которое застыло в форме именительного падежа. Это так называемая «нетронутая» фамилия, характерная в основном для украинской и южнорусской традиции, где прозвище могло стать фамилией без изменения окончания (сравните: Шевченко, Бойко, а в русском — Соловей, Копытон).

Основа фамилии — слово «копыто». Прозвище Копыто или Копытон могли дать человеку по нескольким причинам. Самая прямая — за большие или необычные ступни, которые сравнивали с копытами. В крестьянской среде, где много ходили босиком, огрубевшая, широкая стопа бросалась в глаза и легко становилась поводом для меткого прозвища. Менее очевидная версия — профессиональная: копытом называли часть кузнечного или плотницкого инструмента, а также приспособление для обточки камня. В этом случае Копытоном могли прозвать мастера, работавшего с таким инструментом.

Суффикс -он в прозвище Копытон — редкий для русской ономастики, но встречающийся в южных говорах. Он мог выполнять роль усилителя (как в словах «патрон», «батон») или указывать на крупный размер: Копытон — «большое копыто». В отличие от фамилий Копытов (с типичным суффиксом принадлежности), Копытин или Копылов, фамилия Копытон сохранила исходную форму прозвища без дополнительного оформления, что говорит о её более позднем или более простонародном происхождении.

В дореволюционных переписях эта фамилия почти не встречается — она либо оставалась в устном бытовании, либо была записана в искажённом виде. Сегодня носители фамилии Копытон рассеяны по России и Украине, но нигде не образуют заметных гнёзд. Это редкая фамилия, которая, скорее всего, возникла в одном конкретном роду и не получила широкого распространения. Её носитель может с высокой вероятностью считать, что его предок был человеком приметным, с яркой внешностью или ремеслом, которое дало ему необычное прозвище.