Фамилия Кордунов образована от прозвища Кордун, а суффикс -ов указывает на принадлежность: «сын Кордуна». Основа фамилии — слово «кордон» (от французского cordon — «шнур, граница»), но в русском языке оно приобрело иное значение. В южных и западных говорах «кордоном» называли не только пограничную линию, но и лесную сторожку, заставу, а также самого сторожа или объездчика. Кордуном могли прозвать человека, который жил на кордоне, нёс сторожевую службу или работал лесником. Вторая, менее распространённая версия, связывает прозвище с диалектным словом «кордун» — так в некоторых регионах называли низкорослого, коренастого человека, но это предположение слабее подкреплено лексикой.

Фамилия редкая, её география тяготеет к югу России и Украине, где система кордонов была развита исторически — на границах с Крымским ханством и в лесных угодьях. Встречается также в польском варианте «Kordun» — там слово «kordun» означало «стражник» или «надзиратель». Вероятно, предки носителя фамилии были людьми служилыми: либо сторожами на границе, либо лесниками, жившими обособленно.

Словообразовательная модель проста: основа Кордун плюс типичный русский патронимический суффикс -ов. Фамилия не дворянская, не купеческая — она из крестьянской или казачьей среды, где прозвища часто давали по роду занятий или месту жительства. Однокоренные фамилии — Кордонов, Кордонский — встречаются реже и обычно имеют ту же семантику. Кордуновы не были многочисленны, поэтому в архивных записях XIX века фамилия встречается эпизодически, преимущественно в документах Воронежской и Харьковской губерний.