Фамилия Корнипаев — редкая, и её разбор требует внимания к деталям, которые не лежат на поверхности. Словообразовательная модель здесь нестандартна: суффикс -аев (фонетический вариант -ев) указывает на отчество от прозвища или имени, но основа «Корнипай» не встречается в современных словарях личных имён. Это наводит на мысль о сложном, составном прозвище.

Скорее всего, в основе лежит сочетание двух частей: «корн» и «ипай». Первая часть — «корн» — может быть искажением от «корень» (в значении «основа», «род») или от тюркского «кор» (слепой, бедный, а также пепел, зола). Вторая часть — «ипай» — вероятно, восходит к тюркскому глаголу «ип-» (шить, сшивать) или к имени «Ипай» (уменьшительная форма от Ипатий, греческого происхождения). Таким образом, Корнипай могло быть прозвищем мастера по шитью, либо человека, жившего в бедной, «зольной» местности, либо носителя двойного имени, где «Корн» — это усечённое тюркское имя.

Географическая привязка фамилии также показательна. Корнипаевы — нетипичная фамилия для центральной России; она встречается преимущественно в Поволжье и на Урале, особенно в Башкортостане и Оренбургской области. Это указывает на возможное башкирское или татарское происхождение основы, где суффикс -аев (а не -ов) — обычное явление для тюркских фамилий, оформленных по русской модели. В таком случае, первоначальное прозвище могло звучать как «Корнипай» или «Курнипай», а при записи в русских документах получило окончание -ев.

Версия о том, что фамилия образована от редкого крестильного имени Корнилий (через форму Корнипа) менее вероятна: суффикс -аев при таком имени дал бы Корнилиев или Корниев, а не Корнипаев. Более убедительно выглядит гипотеза о сложном прозвище из двух корней, где первый — тюркский, а второй — либо тоже тюркский, либо русифицированный вариант греческого имени. Фамилия Корнипаев — пример того, как в одном слове сплавились разные языковые традиции, и её носители, вероятно, происходят из среды смешанного русско-тюркского населения Южного Урала.