Фамилия Короткунов восходит к прозвищу Короткун, которое восходит к прилагательному «короткий». Согласно другой версии, фамилия Короткунов образована не от прозвища, а от мирского имени Короткун, которое связано с именем сибирского злого духа Корочуна. В данном случае, надеясь иметь красивого и здорового мальчика, родители могли назвать его Короткун. Так и прозвище Короткун закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Короткунов. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Короткун, со временем получил фамилию Короткунов.