Фамилия Короткунова образована от прозвища или мирского имени Короткун. Самый прямой и очевидный разбор: в основе лежит прилагательное «короткий». Прозвище Короткун могли дать невысокому человеку, а суффикс -ун в русских прозвищах часто указывал на носителя яркого признака (ср. Толстун, Молчун, Говорун). По этой модели Короткун — «тот, кто короток».

Менее очевидная, но не менее интересная версия связывает имя Короткун с сибирским злым духом Корочуном (Карачуном) — в славянской мифологии божеством холода и смерти. В этом случае имя выполняло роль оберега: родители, надеясь вырастить здорового мальчика, давали ему «плохое» имя, чтобы отвести от ребенка злые силы. Такая практика была широко распространена в крестьянской среде. Если исходить из этой версии, фамилия хранит не столько рост предка, сколько древний народный обычай.

Словообразовательная модель типична для русских фамилий: прозвище на -ун → притяжательное прилагательное с суффиксом -ов → фамилия Короткунов. Женская форма Короткунова — это указание на принадлежность к роду (жена или дочь Короткунова). Фамилия встречается в основном на севере европейской части России и в Сибири, что косвенно поддерживает сибирскую «демоническую» версию. Однокоренные фамилии — Коротков, Коротких, Коротченко — построены от того же корня, но с разными суффиксами, что указывает на разные регионы и эпохи возникновения.