Фамилия Кортоев — редкий случай, когда модель образования указывает на географию точнее, чем основа. Суффикс -ев при безударной основе на -ой (Кортой, Кортай) — почти стопроцентный маркер происхождения с Северного Кавказа, в первую очередь из Ингушетии и Чечни. В вайнахских языках суффикс -ев/-ов оформляет фамилии по отцу, а сама основа Корто- восходит к личному имени или прозвищу Корта, Корто.

Слово «корта» на чеченском и ингушском означает «голова», «вершина», «глава». В составе прозвища оно могло указывать на физическую примету (большая голова, необычная форма черепа), на лидерскую роль («голова» в смысле старшина, предводитель) или на место жительства — на вершине холма, у истока реки. Антропонимист А. Суперанская в работах по кавказской ономастике отмечала, что такие «телесные» прозвища у вайнахов были особенно часты в XVI–XVIII веках, до массового закрепления фамилий.

Другая версия, менее вероятная, — связь с тюркским «курт» (волк) через метатезу (перестановку звуков). Но для фамилии Кортоев нет ни диалектных, ни исторических подтверждений такой перестановки, а чеченская этимология лежит на поверхности и объясняет и суффикс, и ареал.

Встречается фамилия почти исключительно у ингушей и чеченцев, с концентрацией в Малгобекском и Назрановском районах Ингушетии. Это значит, что предки носителя Кортоев, скорее всего, принадлежали к одному из вайнахских тейпов (родовых объединений), а само прозвище закрепилось как фамилия не позднее середины XIX века, когда российская администрация начала фиксировать горцев по отчеству.

Словообразовательно фамилия прозрачна: Корто (основа) + -ев (патронимический суффикс). Если бы она возникла в великорусской среде, суффикс был бы -ов (Кортов), а окончание -ой в основе дало бы форму Кортов или Кортовской. Сочетание Корто- + -ев — верный признак кавказского субстрата.