Фамилия Кортуненкова — редкий пример, где географическая привязка оказывается важнее разбора корня. Основа здесь — Кортуненко, а финальное -а указывает на женскую форму. Носительница такой фамилии — дочь или жена Кортуненко. Но если разбирать мужской вариант, бросается в глаза суффикс -енко. В украинской и южнорусской ономастике он означает «маленький» или «сын такого-то». То есть Кортуненко — это «сын Кортуна» или «малый Кортун».

Сам корень «Кортун» не имеет однозначного славянского толкования. В русских говорах слова «кортун» нет. Зато есть географическая привязка: в Карелии и Мурманской области встречается топоним Кортун (озеро, деревня). Фамилия могла возникнуть у выходцев из этих мест — человека, живущего у озера Кортун, прозвали Кортуном, а его потомков — Кортуненко. Есть и вторая, менее вероятная версия: от финского «kortturi» — «коротышка» или диалектного «кортунить» (в некоторых говорах — «горбиться, сгибаться»). Тогда прозвище Кортун дали человеку невысокого роста или сутулому.

Модель образования типична для фамилий, сложившихся в среде казачества и крестьянства Украины и юга России в XVII–XVIII веках. Суффикс -енко указывает на демократичное происхождение: такие фамилии редко встречались у дворянства. Ареал фамилии Кортуненко сегодня размыт, но чаще всего она встречается в Белгородской, Воронежской областях и в Краснодарском крае — регионах, куда мигрировали малороссы.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Кортунов, Кортун) показывает, что основа «Кортун» не получила широкого распространения. Это не массовая фамилия вроде Иванов или Кузнецов, а локальное прозвище, закрепившееся в одном-двух родах. Поэтому искать общий «смысл» тут не стоит: фамилия, скорее всего, ведет начало от конкретного места или единичного прозвища, а не от профессии или имени.