Фамилия Кортусов — одна из тех, где за привычным русским окончанием скрывается украинский корень. В её основе лежит прозвище Кортус, которое образовали от глагола «картати». В украинском языке у этого слова два основных значения: «остро упрекать, ругать, резко критиковать» и «грызть». Суффикс -ус в прозвище — типичный для украинской модели образования имён по действию или привычке (сравните: «крикус» — крикун, «бігус» — непоседа).

Первая версия происхождения — поведенческая. Прозвище Кортус могли дать человеку с неуживчивым характером: тому, кто постоянно спорил, ругался с окружающими и резко отстаивал своё мнение. Вторая версия — бытовая, основанная на значении «грызть». Здесь прозвище могло закрепиться за человеком с заметной привычкой, например, постоянно грызть ногти. В крестьянской и казацкой среде такие прозвища по внешним признакам или манере поведения были обычным делом и со временем становились главным именованием человека.

Фамилия образована по стандартной восточнославянской модели: к основе Кортус добавили патронимический суффикс -ов, означающий «сын Кортуса» или «потомок Кортуса». Приставка «карт-» в основе фамилии роднит её с такими однокоренными фамилиями, как Карташов (от «карташ» — коротышка или картёжник) и Картавцев (от «картавый»), но в случае Кортусовых связь идёт именно через украинский глагол, а не через русские диалекты.

Географически фамилия Кортусов чаще встречается в южнорусских и украинских регионах, что подтверждает её южнославянское происхождение. В дореволюционных переписях носители фамилии фиксировались преимущественно среди крестьян и мещан Курской, Воронежской и Харьковской губерний.

Таким образом, основатель рода Кортусовых — человек, которого окружающие запомнили по резкому языку или необычной привычке. Прозвище закрепилось за ним настолько прочно, что перешло в фамилию его детей и внуков, сохранив память о характере или поведении предка.