Фамилия Коржинек — редкая для России и явно нестандартная по своему происхождению. Её выдают суффикс и окончание: -ек. В русской ономастике такая модель почти не встречается, зато она характерна для западнославянских языков, прежде всего для чешского и словацкого. Фамилия Коржинек — это классический пример фамилии, которую принесли в Россию переселенцы или потомки тех, кто оказался в составе Российской империи в результате миграционных волн XIX–XX веков.

Основа фамилии — корж. В славянских языках у этого слова два основных значения. Первое, самое распространённое — лепёшка, сухое печенье, выпечка. Второе, диалектное — засохшая корка, нечто жёсткое и сухое. Чешское слово «korž» (или «korec») также имеет отношение к мере сыпучих тел, но в основе фамилии, скорее всего, лежит именно кулинарный смысл. Суффикс -ек в чешском языке выполняет уменьшительную функцию. Таким образом, Коржинек — это буквально «маленький корж» или «коржик». Фамилия могла закрепиться как прозвище пекаря, кондитера, человека, который пёк или продавал коржи, либо как шутливое прозвище невысокого или плотного человека (по аналогии с коржом — круглым и приземистым).

В отличие от русских фамилий на -ов/-ев или -ин, которые указывают на принадлежность отцу («чей сын»), Коржинек — это фамилия-прозвище, застывшая в исходной форме. В чешской традиции такие фамилии на -ек очень распространены: Новак, Прохазка, Свобода. Коржинек стоит в одном ряду с ними, но встречается значительно реже. В России фамилия чаще всего писалась без изменений, хотя в документах XIX века можно встретить вариацию Коржинков — результат адаптации под русскую грамматику (добавление суффикса -ов). Однако исходная форма Коржинек сохранилась и по сей день, что выдаёт в её носителях потомков выходцев из Чехии или Словакии, ассимилировавшихся в русской среде, но сохранивших исконное написание фамилии.