Фамилия Кошкарев (и её вариант Кошкарёв) чаще всего ведёт происхождение от прозвища Кошкарь. Его основа — тюркское слово «кочкар», которое со временем изменилось в «кошкар» и «кашкар». В переводе это означает «племенной баран», то есть производитель в отаре. Прозвище могли дать крепкому, упрямому или зажиточному человеку, а может быть, тому, кто пас таких баранов.

Менее вероятна связь с прикамским словом «кошкар» — «старый волк». Эта версия уступает первой, потому что значение «баран» шире распространено в тюркских языках Поволжья и Урала, откуда фамилия, скорее всего, и пошла. Ещё одна гипотеза — топонимическая: в Прикамье есть сёла Кошкарово и Качкарово. Предок Кошкаревых мог получить фамилию по месту жительства в одном из этих населённых пунктов. Однако и этот вариант менее правдоподобен, чем прозвищный.

Фамилия образована по стандартной русской модели с суффиксом -ев: от основы на мягкий согласный (Кошкарь) или, реже, на -а. Суффикс -ев указывает на принадлежность: «сын Кошкаря». Встречается как написание через «ё» (Кошкарёв), так и через «е» (Кошкарев) — это связано с разными традициями фиксации фамилий в документах XIX–XX веков, но суть одна.