Фамилия Кошкелов — редкий случай, когда русская по форме фамилия (суффикс -ов, типичный для русского языка) имеет, скорее всего, грузинские корни. В основе лежит не русское слово «кошка», а грузинское именование Кошкели. Оно образовано от грузинского «кошки» (башня) с помощью уменьшительного суффикса -ели. Таким образом, Кошкели — это «башенка», прозвище, которое мог получить человек, живший у башни, работавший сторожем на башне или владевший небольшим укреплением.

При переносе в русскую среду грузинская фамилия Кошкели (или отчество от прозвища Кошкели) оформилась по модели русских фамилий: к основе добавили патронимический суффикс -ов, означающий «сын» или «потомок». То есть Кошкелов — это «сын Кошкели». Такое переоформление часто происходило при смешении культур, особенно на Кавказе и в южных регионах России, где грузинское население контактировало с русским.

Версия о происхождении от русского слова «кошка» («кошель» или «кошкодав») менее правдоподобна, хотя и возможна. Если бы фамилия была исконно русской, она скорее звучала бы как Кошкаров (от «кошкар» — пастух) или Кошкодавов. Форма «Кошкелов» с суффиксом -ел- встречается редко и указывает на иноязычное происхождение основы. Поэтому грузинская этимология — основная и самая логичная.

Географически фамилия Кошкелов встречается преимущественно на юге России, в Краснодарском и Ставропольском краях, а также в Ростовской области — в зоне исторического контакта с народами Кавказа. Это косвенно подтверждает версию о грузинском или общекавказском происхождении. Носителей фамилии немного, она относится к числу редких, что объясняется узким кругом её возникновения.