Фамилия Котес — редкий пример, когда основа не поддаётся однозначному толкованию в рамках русской ономастики. В ней нет ни привычного суффикса -ов/-ев, ни -ин, ни -ский, что сразу наводит на мысль: перед нами не исконно русская фамилия, а скорее всего, заимствованная или адаптированная. На слух она воспринимается как иноязычная, и это ключ к её происхождению.

Первое, что приходит в голову при взгляде на Котес — связь с латышскими или литовскими фамилиями. В балтийских языках существует фамилия Kotes (например, в Латвии она встречается, хоть и нечасто). Корень «kot» в латышском может означать «шест», «веха» или «длинная палка», то есть прозвище могло относиться к высокому, худощавому человеку — «длинный как шест». Альтернативно, в литовском «kotas» — это «рукоятка», «черенок», что тоже указывает на внешность или род занятий. Если предки носителя фамилии переселились из Прибалтики в центральную Россию, окончание могло обрубеть или, наоборот, сохраниться в исходном виде, не получив русского суффикса.

Вторая версия — еврейское происхождение, хотя и менее вероятная. Фамилия Котес может быть вариантом ашкеназской фамилии Котес или Котесман, где основа восходит к идишскому слову «котес» (производное от «кот» — «кот»). Однако в этом случае фамилия обычно встречается в формах с суффиксами, а без них — большая редкость. Спорная гипотеза, которую стоит упомянуть лишь для полноты: не исключено, что Котес — это русифицированная форма греческой фамилии Котес (Κότες), но документальных подтверждений массового бытования такой фамилии в России нет.

Географически фамилия Котес сегодня встречается в России точечно, без ярко выраженного ареала. В базах данных XIX века её почти нет, что подтверждает: фамилия либо поздняя (появилась после отмены крепостного права, когда крестьянам давали фамилии по прозвищам), либо пришла с мигрантами. Сравните с однокоренными: в русском языке есть фамилия Котов (от «кот»), но Котес стоит особняком — и по звучанию, и по морфологии. Если бы она была образована от прозвища «Кот» с помощью суффикса -ес (как, скажем, Гордес от Гордей), это была бы уникальная словообразовательная модель, нехарактерная для русских фамилий. Поэтому балтийская версия выглядит убедительнее: она объясняет и необычную форму, и редкость фамилии.