Фамилия Котрохова хранит память о прозвище далёкого предка — Котрох. Самая убедительная версия связывает его со словом «котрах»: в рязанских и владимирских говорах так называли шапку. Скорее всего, прозвище дали человеку по роду занятий — торговцу шапками, офене. Но не исключено, что Котрохом могли прозвать и просто того, кто постоянно носил заметную шапку.

Вторая по вероятности версия — топонимическая. Название реки Котра, правого притока Немана в бывших Виленской и Гродненской губерниях, могло стать основой для прозвища жителя её берегов. Исток Котры находился у озера Пеляса в Лидском уезде.

Другие объяснения менее правдоподобны. Связь с диалектным глаголом «котренить» (стряпать, готовить пищу) возможна, но слаба: прозвище повара или кашевара вряд ли закрепилось бы в такой форме. Ещё реже встречается версия о мирском имени от слова «котр» — так в некоторых говорах называли серп-траву, растение для жёлтой краски. Растительные имена в старину действительно бытовали, но для этой фамилии основание шаткое.

Архивные документы подтверждают, что фамилия бытовала в Сибири. В архивах УВД Томской области сохранились сведения о Котроховой Марфе Демьяновне (1880 года рождения) и Котроховой Матрене Фёдоровне (1903 года рождения). Эти записи — прямое свидетельство того, что уже в XIX веке носители фамилии жили за Уралом, куда могли переселиться из центральных или западных губерний России.