Фамилия Котрубенко — яркий пример того, как украинская словообразовательная модель превращает прозвище в наследственное имя. Суффикс -енко, типичный для Поднепровья и Левобережной Украины, означает «маленький», «сын» или «потомок». Носитель такой фамилии — это, буквально, «сын Котруба» или «потомок Котруба». Поэтому, чтобы понять значение фамилии, нужно разобраться с прозвищем, которое легло в её основу.

Самая вероятная версия связывает основу Котруб- с диалектным украинским словом котруб (или котлуб). В говорах центральной и западной Украины так называли неопрятного, нерасторопного или неловкого человека, а иногда — того, кто плохо одет, «оборванца». Слово могло возникнуть из звукоподражания (котрубати — шуршать, греметь) или из метафоры, связанной с чем-то громоздким и неаккуратным. Таким образом, первый носитель прозвища Котруб, скорее всего, выделялся своим внешним видом или манерой поведения.

Вторая, менее распространённая гипотеза, выводит основу из тюркских языков, где kotur означает «парша», «чесотка», а -ub могло быть суффиксальным элементом. В этом случае Котруб — человек с кожной болезнью. Однако эта версия слабее: в украинской ономастике фамилии с тюркской этимологией чаще встречаются на юге, а суффикс -енко характерен для более северных регионов. Кроме того, слово «котруб» фиксируется в украинских говорах именно в бытовом, а не в медицинском значении.

Географически фамилия Котрубенко тяготеет к Полтавщине и Черкасщине. В метрических книгах XIX века она встречается в Золотоношском и Пирятинском уездах. Это были, как правило, казаки или государственные крестьяне: фамилия не аристократическая, а народная, что подтверждается её прозвищным происхождением. Интересно, что в русских переписях фамилию могли записать как Котрубенков, адаптируя под местную модель, но исходный украинский вариант сохранился.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Котрубенко стоит в одном ряду с Котрубом, Котрубовым, Котрубенковым. Все они — «родственники» по прозвищу, но различаются суффиксами, указывающими на регион и эпоху возникновения. Фамилия редкая, носителей мало, поэтому её точное происхождение можно установить только через генеалогическое исследование конкретной семьи и анализ диалекта той местности, откуда она пошла.