Фамилия Котрушенко — характерный пример украинской модели образования на -енко, которая в XVII–XVIII веках была распространена в среде запорожского казачества и крестьянства Левобережной Украины. Суффикс -енко буквально означает «маленький» или «сын», то есть Котрушенко — это «чей-то сын» или «потомок». Вопрос в том, от какого именно имени или прозвища образована основа.

Здесь есть две основные версии, и обе имеют право на существование. Первая и самая прямая: основа «Котруш» — это производная форма от крестильного имени Котрий (католическое и православное имя греческого происхождения, редкое, но встречавшееся на юге Российской империи) или от его просторечного варианта Котр. В таком случае фамилия Котрушенко — это патроним, то есть «сын Котруша». Вторая версия связывает основу с прозвищем от диалектного украинского слова «котрити» (мешать, путать, или, в некоторых говорах, — говорить невнятно, бормотать). Тогда Котруш — человек с неразборчивой речью или суетливый, путающий всё подряд. В пользу прозвищного происхождения говорит то, что фамилии на -енко часто возникали именно от уличных прозвищ, а не от редких церковных имён.

Интересно, что в украинской ономастике фамилия Котрушенко не имеет массового распространения, она сосредоточена в центральных и восточных областях Украины — в Черкасской, Полтавской, Днепропетровской. Это область бывших казацких полков, где фамилии на -енко были нормой. Встречаются и однокоренные варианты: Котруш, Котрушко, Котрушевский — последний уже с польским суффиксом -ский, что говорит о возможной шляхетской ветви или о более поздней русификации.

Сословно Котрушенко — почти наверняка казацкого или крестьянского корня. В ревизских сказках и исповедных ведомостях XIX века эта фамилия фигурирует среди государственных крестьян и казаков, но не среди дворян. Учитывая редкость основы, можно предположить, что родоначальник был заметной фигурой в своей общине — либо по имени, либо по прозвищу, которое запомнили соседи.