Основой фамилии Котрылев послужило мирское имя Котрыль. Скорее всего, фамилия Котрылев образована от мирского имени Котрыль, которое восходит к слову «котр». В некоторых говорах котром называли серп-траву, растение, которое шло на желтую краску. Согласно другой гипотезе, в основе этой фамилии лежит прозвище Котрыль, связанное с названием реки Котра, которая протекала в Виленской и Гродненской губернии (правый приток Немана). Исток ее находился у озера Пеляса в Лидском уезде. Следовательно, Котрылем могли называть человека, жившего на берегу этой реки. Менее вероятной представляется этимологическая связь прозвища Котрыль с диалектным глаголом «котренить», то есть «стряпать, готовить пищу». Так, Котрылем могли прозвать повара, кашевара. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Котрыль, со временем получил фамилию Котрылев.