Фамилия Ковчан — редкий случай, когда географический суффикс спорит с прозвищной основой. На слух она звучит как типичная украинская или белорусская фамилия на -ан (сравните: Гончар → Гончаренко, но есть и просто Гончар), однако здесь суффикс -чан, а не -ан. Если бы фамилия была образована от названия жителя какой-то местности (поляк → поляк, но ковчак?), то корень «ковч» мог бы указывать на топоним Ковча, Ковче или Ковч. Но таких сёл с уверенной фиксацией в исторических источниках нет, поэтому версия с прозвищем выглядит надёжнее.

Скорее всего, в основе лежит украинское или польское слово «ковч» — так в некоторых говорах называли ковш, черпак, а также лодку-однодеревку (челн). В этом случае Ковчан — человек, связанный с изготовлением или использованием ковшей: либо бондарь, делавший деревянные ковши, либо лодочник, перевозчик. Суффикс -ан в украинской антропонимии часто выполнял роль прозвищного показателя (Кос — Косан, Лис — Лисан), то есть Ковчан — это «тот, кто имеет отношение к ковчу» или «похожий на ковч». Фамилия могла закрепиться в западных регионах Украины, на Волыни или в Подолье, а также у поляков на юго-востоке.

Менее вероятная, но допустимая версия — отчество от имени Ковч, которое могло быть краткой формой от Ковчеслав или другого двухосновного имени с корнем «ков» (кузнец). Однако такая антропонимическая модель в славянских языках почти не встречается, так что это лишь гипотеза без серьёзной опоры.

В России фамилия Ковчан редка, встречается в основном среди потомков переселенцев с Украины или из Беларуси. В дореволюционных списках она не фиксируется как дворянская — скорее всего, её носили крестьяне или мещане. В польской ономастике фамилия тоже есть, но в форме Kówczan или Kłóczan, что дополнительно подтверждает связь с инструментом или утварью.

Единственное, что можно сказать о сословной принадлежности: по суффиксу и корню фамилия явно не из боярской или шляхетской среды. Её носители — люди ремесленного или крестьянского круга, чьё прозвище описывало конкретное дело или предмет обихода.