Фамилия Ковырнов — из числа тех, что образованы от прозвища, данного по действию. В её основе лежит глагол «ковырять», а точнее — его просторечная форма «ковырнуть» или «ковырять». Человек мог получить прозвище Ковырь или Ковырня за привычку ковыряться в чём-то: в земле, в работе, в мелочах. В русских говорах «ковырять» означало не только «делать углубление», но и «делать медленно, кропотливо», «возиться с неинтересным делом». Прозвище могло закрепиться за неторопливым, дотошным мастером — например, сапожником, столяром или резчиком по дереву, который подолгу выковыривал и подгонял детали.

Модель образования проста: суффикс -ов указывает на принадлежность. Ковырнов — буквально «сын Ковырна» или «из семьи Ковырна». Форма на -ов типична для русских фамилий, сложившихся в XV–XVII веках. В отличие от фамилий на -ин (от основ на -а/-я), здесь основа твёрдая, мужского рода — Ковырн, что характерно для прозвищ с нулевым окончанием.

В словарях русских фамилий Ковырнов встречается редко, но однокоренные фамилии — Ковырев, Ковырзин, Ковырков — известны. По географическому распространению Ковырновы чаще всего фиксируются в центральных и южных областях России: в Воронежской, Тамбовской, Рязанской губерниях. Там слово «ковырять» активно бытовало в бытовой речи, и прозвище могло закрепиться за крестьянином или ремесленником, который «ковырялся» с сохой или лучиной.

Есть и вторая, менее вероятная версия: что основа восходит к диалектному «ковыр» — «шишка, нарост, кочка». Тогда прозвище могло относиться к человеку с физической особенностью — например, с родинкой или бородавкой. Но эта гипотеза слабее: в источниках по русской ономастике она почти не подтверждена, а глагольное происхождение для фамилий на -ов более типично.

Таким образом, предки Ковырновых — скорее всего, люди труда, неспешные и въедливые, возможно, ремесленники или земледельцы, чьё прозвище со временем превратилось в наследственную фамилию.