Фамилия Козиненко — характерный пример украинской модели образования фамилий с суффиксом -енко. В XVII–XVIII веках этот суффикс был одним из самых активных в украинской антропонимии: он означал «сын такого-то» или «потомок», а со временем закрепился как наследственный фамильный показатель. То есть Козиненко — это буквально «сын Козини» или «потомок Козини».

Основа фамилии — прозвище Козиня. Скорее всего, оно указывало на род занятий человека. Козим на Украине называли пастуха, который пас коз. В условиях сельского хозяйства, где коз держали для молока, шерсти и мяса, такое занятие было распространённым, и прозвище легко прилипало к человеку. Со временем прозвище Козиня, изначально присоединённое к наследственному имени, полностью заменило его как в повседневной жизни, так и в официальных документах — это обычный путь, когда профессиональное именование вытесняет крестильное имя.

Впрочем, возможна и другая версия: в основе могло лежать не прозвище, а производная форма от крестильного имени Козьма (в народном варианте — Кузьма). Уменьшительно-ласкательные формы вроде Козя, Козинька, Козиня были в ходу в украинской среде. Тогда Козиненко — это «сын Козьмы». Эта версия правдоподобна, но менее вероятна: если бы фамилия была от имени, чаще встречались бы варианты Кузьменко или Козьминенко. Прямая связь с козой и пастушеством выглядит естественнее.

Географически фамилия Козиненко тяготеет к центральным и восточным областям Украины — Полтавщине, Черкащине, Сумщине, а также к югу России, куда переселялись украинские крестьяне в XIX веке. Встречается она и в Беларуси, но реже. Важная деталь: в русской среде аналогичную фамилию могли бы записать как Козин или Козинин — суффикс -енко выдаёт украинское происхождение почти безошибочно.

С точки зрения словообразования фамилия проста и прозрачна: корень коз- (коза), суффикс -ин- (принадлежность или уменьшительность), суффикс -енко (сын, потомок). Никаких редких или спорных элементов. Фамилия недвусмысленно говорит о том, что предок её носителя был либо пастухом, либо человеком, которого в шутку сравнивали с козой — например, за упрямство или подвижность. В любом случае, Козиненко — фамилия без аристократического налёта, крестьянская или казацкая, каких тысячи на украинских землях.