Фамилия Козлянинова — женская форма от Козлянинов, и её происхождение не так очевидно, как может показаться на первый взгляд. Корень «козл-» сразу наводит на мысль о козле или козлёнке, но суффикс «-янинов» здесь ключевой. Он указывает на образование от названия населённого пункта: в русской ономастике фамилии на «-янинов» (а также «-яков», «-ягин») характерны для жителей сёл или городов, названия которых оканчивались на «-яня», «-янь» или «-ян». То есть предок носителя фамилии был выходцем из места, которое называлось Козляны, Козлянь или Козляново. Такие топонимы действительно встречаются: например, село Козляны в бывшей Витебской губернии или деревня Козляново в нынешней Тверской области. Название же самого поселения, скорее всего, пошло от прозвища или фамилии первопоселенца — Козля, Козлян, то есть человека, связанного с козлами (пастуха, торговца козьим пухом или просто обладателя козлиной бородки).

Вторая, менее вероятная, версия — что основа «Козлян-» происходит напрямую от прозвища Козлян, образованного от слова «козёл» с суффиксом «-ян» (как, например, Борзян, Долгян). В таком случае фамилия Козлянинов — патроним: «сын Козляна». Однако модель «-янинов» типичнее для географических прозвищ, чем для личных имён: в древнерусских документах чаще встречались «дворяне из Козлян», чем «Иванов сын Козлянов». Поэтому топонимический разбор выглядит убедительнее.

Сословно фамилия Козляниновых не была крестьянской: суффикс «-инов» в сочетании с «-ян-» выдаёт скорее дворянский или служилый род. Известно, что Козляниновы — старинный русский дворянский род, записанный в родословные книги Смоленской, Тверской и Московской губерний. Географически фамилия привязана к северо-западу России: Смоленщина, Тверская земля, бывшие новгородские пятины. Встречается и вариант написания через «а» — Казлянинов, но он редок и связан с местным аканьем.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями — Козлов, Козляков, Козлёнков, — то Козлянинов стоит особняком: она не указывает на прямое родство с животным или его детёнышем, а несёт в себе указание на «землячество», на происхождение из конкретного места. Носитель такой фамилии мог быть не пастухом, а, скажем, помещиком, чьи предки получили фамилию по названию своей вотчины.