Фамилия Кознодий — редкая, с прозрачной, но неожиданной внутренней формой. В ней отчётливо слышится старославянское «кознь» — козни, хитрость, лукавство, умысел. В древнерусском языке «кознь» означало не только злой умысел, но и искусное мастерство, изобретательность (отсюда «кознодей» — хитрец, пройдоха, а также умелец). Вторая часть фамилии — суффикс -ий, который в русских фамилиях встречается редко. Обычно он указывает на притяжательность или принадлежность в церковнославянской модели (как в фамилиях типа Божий, Илий). Но здесь, скорее всего, перед нами не суффикс, а окончание, оставшееся от полной формы прозвища — Кознодий. То есть фамилия образована не по стандартной модели «прозвище + -ов/-ин», а путём субстантивации: прозвище Кознодий само стало фамилией без дополнительных суффиксов. Это характерно для украинских, белорусских и южнорусских фамилий, а также для прозвищ, которые закрепились в документах в форме имени.

Вероятнее всего, основатель рода получил прозвище Кознодий за свой характер — за склонность к интригам, хитроумным планам или, наоборот, за умение ловко выходить из сложных ситуаций. В народной речи слово «кознодей» имело двойную окраску: и осуждающую («лукавый человек»), и уважительную («мастер на выдумки»). Не исключено, что прозвище дали ремесленнику, изготавливавшему хитроумные механизмы, замки или ловушки.

Фамилия почти не встречается за пределами восточнославянского ареала. В дореволюционных списках и современных базах данных Кознодий — большая редкость. Это говорит о том, что фамилия либо угасла, либо сильно локализована (возможно, в Черниговской или Полтавской губерниях, где любили прозвища на -ий). По сословному происхождению — скорее всего, крестьянская или казачья: прозвища с негативной или ироничной окраской редко давали духовенству или дворянству.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Кознов, Кознев, Кознодей) показывает, что Кознодий сохранил архаичную форму, не тронутую поздней унификацией на -ов. Это делает её ценной для историков языка: она застыла в том виде, в каком прозвище бытовало в живой речи XVI–XVII веков.