Фамилия Козогина — женская форма, в основе которой лежит мужская фамилия Козогин. Она образована по стандартной русской модели с суффиксом -ин, указывающим на принадлежность: Козогин — сын Козоги. Такая модель типична для фамилий, возникших из прозвищ или мирских имен, оканчивающихся на -а/-я.

Корень «Козог-» — редкий и неочевидный. Первая версия связывает его с диалектным словом «козог», которое в некоторых говорах означало козла или, шире, упрямого, своенравного человека. Прозвище Козог могли дать человеку с соответствующим характером или внешностью. Вторая, менее вероятная версия, предполагает искажение от «козак» (казак) через народную этимологию — когда незнакомое слово переделывали под более привычное.

Есть и более специфическая гипотеза: в северных и сибирских говорах «козог» могло быть названием особого вида саней или части упряжи. В таком случае прозвище Козог получал мастер, делавший такие сани, или возница. Эта версия интересна тем, что отсылает не к характеру, а к ремеслу, и объясняет, почему фамилия не получила широкого распространения — она привязана к узкому локальному промыслу.

С точки зрения географии, фамилия Козогин встречается редко, преимущественно в центральных и северных областях России, что косвенно подтверждает ее диалектное происхождение. В сословном плане она, скорее всего, крестьянская или мещанская — без признаков дворянского корня. Однокоренные фамилии (Козогов, Козогинский) практически отсутствуют, что делает Козогиных носителями уникальной родовой ветви.