Фамилия Козокин — редкий пример того, как простое прозвище, записанное на слух, застыло в документах в неожиданном виде. В её основе лежит слово «козёл», но не в прямом значении «домашнее животное», а в переносном, прозвищном. В русских говорах козлом называли не только упрямого или драчливого человека, но и того, кто носил бороду клином, или даже удачливого игрока в бабки (козёл — кость, которой сбивают другие кости). Прозвище Козок — уменьшительно-ласкательная форма от «козёл», то есть «маленький козёл» или «козлёнок». Его могли дать подростку с бойким, задиристым характером, либо младшему в семье, кого дразнили «козликом».

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: Козокин — «сын Козока» или «из семьи Козока». Такая модель образования типична для центральных и северных регионов России, где фамилии на -ин широко распространены. Встречается Козокин и в южных областях, но там чаще бытовали формы на -ов (Козоков). Примечательно, что фамилия не получила массового распространения — она осталась локальной, что говорит о её позднем закреплении, возможно, в XVIII–XIX веках, когда крестьянам массово присваивали фамилии по уличным прозвищам.

Интересна параллель с однокоренными фамилиями. Козокин стоит в одном ряду с Козловым, Козлитиным, Козляковым, но отличается редким суффиксом -ок. Если Козлов — это «сын козла» (прямое животное), то Козокин — «сын Козка», то есть прозвища, которое уже прошло стадию уменьшения. Это значит, что предок носителя фамилии был известен в своей деревне именно под ласкательным или ироничным именем Козок, а не под грубым «Козёл». По церковным записям XIX века Козокины встречаются в основном в Вятской и Пермской губерниях, а также в Поволжье, что указывает на возможную миграцию с севера.

Есть и вторая, менее распространённая версия: фамилия могла образоваться от имени Козьма (Кузьма) через его просторечную форму Козок. В некоторых говорах «Козок» — это ласкательное обращение к Кузьме, особенно в семьях, где имя было частым. Тогда Козокин — «сын Кузьмы», и фамилия оказывается патронимом, а не прозвищной. Однако эта гипотеза слабее: для имени Кузьма типичны фамилии Кузьмин, Козьмин, а форма Козок встречается редко и в основном как прозвище, а не как производное от канонического имени. Так что первая версия — от прозвища Козок — правдоподобнее.