Фамилия Козярин образована по редкой для русских фамилий модели с суффиксом -ин, но не от имени на -а, как обычно (Иван — Иванов, Пётр — Петров), а от прозвища или имени на согласный. В русской ономастике суффикс -ин чаще крепится к основам, оканчивающимся на -а/-я: Кузьмин, Ильин. Здесь же основа Козар- или Козяр-, а финаль -ин указывает на принадлежность: «сын Козяра» или «человек из рода Козяры». Такая модель встречается у фамилий украинского и белорусского происхождения, где -ин мог заменять более типичное -енко или -ук.

Самая вероятная основа — слово «козар» или «козяр». В южнорусских и украинских говорах «козар» — это пастух коз, козопас. Прозвище Козарь или Козярь давали человеку, который пас коз или держал их много. Фамилия Козярин могла означать «сын козаря», то есть потомок пастуха. Менее вероятная, но возможная версия — связь с этнонимом «козар» (хазар). Хазары — тюркский народ, живший в Причерноморье в раннем Средневековье. Прозвище Козар могли дать человеку смуглому, черноволосому или с «восточными» чертами, по аналогии с другими этническими прозвищами (Татаринов, Немчинов). Однако для такого происхождения форма Козярин (а не Козарин) менее типична: буква «я» в корне указывает на местное произношение, а не на книжное «хазар».

Географически фамилия тяготеет к западу и югу России, а также к Украине. В дореволюционных источниках Козярины встречаются среди крестьян и мещан Черниговской, Полтавской и Курской губерний. Это подтверждает связь с аграрным прозвищем: козоводство было распространено в малороссийских степях и лесостепи.

Сравнение с однокоренными фамилиями помогает уточнить версию. Козарев, Козаров, Козаренко — все они образованы от той же основы «козар», но с разными суффиксами. Козярин выделяется именно суффиксом -ин, что для украинской среды необычно: там чаще встречаются формы на -енко или -ук. Это может говорить о том, что предок носителя фамилии перешёл в великорусскую среду, где фамилию адаптировали по местной модели.

Таким образом, Козярин — фамилия, скорее всего, профессиональная, от прозвища козаря. Второй вариант — этническое прозвище от хазар, но он менее убедителен из-за фонетики. Фамилия редкая, недворянская, бытовала в крестьянской и мещанской среде юга России.