Фамилия Крестьяне — редкий случай, когда в основе лежит не прозвище и не профессия, а социальный статус, да ещё и во множественном числе. Обычно русские фамилии образуются от единственного числа: Крестьянин, Крестьянинов. Форма «Крестьяне» указывает на коллективное прозвище — так могли назвать целую семью или жителей одного двора, которые вели крестьянское хозяйство. В официальных документах такие фамилии встречаются в основном на севере и северо-востоке России, в бывших новгородских землях, где долго держались архаичные модели именования.

Слово «крестьяне» в современном значении закрепилось поздно. До XVII века крестьянами называли не всех земледельцев, а только тех, кто был прикреплён к земле и платил подати. Свободные хлебопашцы именовались «смердами» или «сиротами». Поэтому фамилия Крестьяне могла возникнуть не раньше, чем термин стал общеупотребительным — примерно в XVIII веке. Вряд ли её дали в качестве насмешки: скорее, это была нейтральная идентификация по роду занятий, как Мещане или Солдаты.

Суффикса в привычном понимании у фамилии нет — она застыла в форме именительного падежа множественного числа. Это отличает её от подавляющего большинства русских фамилий на -ов, -ин, -ский. По модели образования она близка к украинским фамилиям на -е (Козаче, Гончаре), но в русском контексте встречается редко и почти всегда указывает на позднее происхождение, когда фамилию записывали со слов самого носителя без переделки в притяжательную форму.

Известных носителей с такой фамилией нет — это редкая, локальная фамилия. Её носители, скорее всего, происходят из крестьянского сословия, но не из крепостных, а из государственных или экономических крестьян, которые имели больше прав и могли раньше других получить фамилию. Встретить Крестьяне сегодня можно в основном в Архангельской, Вологодской и Кировской областях.