Фамилия Крет в подавляющем большинстве случаев имеет прозрачную этимологию: она восходит к украинскому слову «крет» — крот. Прозвище Крет (или Крот) в народной традиции закреплялось не столько за человеком, похожим на зверька внешне, сколько за его характером. Кротом называли прижимистого, расчетливого, экономного хозяина, который «зарывает добро в нору». Такая модель образования — из прозвища по черте характера без добавления суффикса — характерна для украинской и белорусской антропонимии, где фамилии нередко совпадают с нарицательным словом.

Менее распространенная, но лингвистически обоснованная версия выводит фамилию из литовского языка. Слово kretėti означает «трястись, дрожать (от старости)». В этом случае Кретом могли прозвать дряхлого старика, дожившего до глубоких лет. Версия не лишена оснований: исторические контакты славянского и балтийского населения на территории современных Беларуси и Литвы оставили немало подобных заимствований в прозвищах и фамилиях.

Обе гипотезы не противоречат друг другу — они лишь отражают разные языковые среды, в которых могла возникнуть фамилия. Первая, «кротовая», встречается чаще и понятнее носителям языка, вторая привязана к узкому ареалу и требует литовского контекста. В любом случае, фамилия Крет относится к древнему пласту прозвищ, которые не образовывались от крестильных имен, а рождались из бытовых наблюдений — за повадками животных или за возрастом человека.

Географически фамилия тяготеет к западнорусским и украинским землям. В документах XVII–XVIII веков Креты встречаются среди казаков и крестьян Левобережной Украины, а также в белорусских шляхетских списках. Фамилия осталась без типичного славянского суффикса (-ов, -ин), что указывает на её позднюю фиксацию в письменных источниках — когда прозвище уже закрепилось как родовое имя без дополнительного оформления.