Фамилия Кретовский принадлежит к распространённому типу русских фамилий, образованных от названий населённых пунктов с помощью суффикса -ский. Этот суффикс указывает на дворянское или духовное происхождение, но в XIX веке такие фамилии могли получать и выходцы из других сословий, если их предок был родом из села или города с похожим названием. Вероятнее всего, в основе лежит топоним Кретово — такие деревни и сёла встречаются в Смоленской, Тверской, Псковской и других областях России. Название Кретово, в свою очередь, происходит от прозвища или фамилии Крет, которое имеет несколько возможных значений.

Самая прямая версия связывает основу со словом «крет» — в южнорусских и украинских говорах так называли крота. Прозвище Крет могли дать человеку, похожему на крота: невысокому, коренастому, с плохим зрением или любящему копаться в земле. В русских писцовых книгах XVI–XVII веков встречаются крестьяне и посадские люди с именем Крет — например, Крет Иванов, крестьянин из Новгородской земли. Менее вероятна, но допустима связь с польским словом kret — «крот»: фамилия могла возникнуть на западнорусских территориях, входивших в Речь Посполитую, где суффикс -ский тоже был обычен для шляхетских фамилий.

Другая версия отсылает к греческому имени Крит (или Крет), которое на Руси иногда давали при крещении в честь святого Андрея Критского. В этом случае Кретовский — фамилия от имени предка, но такая модель встречается реже, чем топонимическая. Также не стоит исключать, что основа восходит к слову «крета» — так в некоторых диалектах называли повозку или сани; прозвище Крет мог получить возчик или мастер по изготовлению телег.

Поскольку фамилия образована по модели на -ский, её носители в XVIII–XIX веках чаще всего принадлежали к духовенству или мелкопоместному дворянству. В клировых ведомостях встречаются священники Кретовские, служившие в храмах Смоленской и Тверской губерний. Географически фамилия сегодня наиболее частотна в центральных и северо-западных регионах России, а также в Беларуси. Встречается и вариант написания Кретовской — с ударением на последний слог, что характерно для польского произношения. Из-за редкости фамилии её носители, скорее всего, происходят из одного или нескольких локальных родов, а не из множества независимых линий.