Фамилия Кротько — характерный пример восточнославянской фамилии, образованной с помощью уменьшительно-ласкательного суффикса -к-о. Такая модель типична для украинских и белорусских фамилий, где суффикс -к-о (Крот-к-о) придаёт основе оттенок прозвищности или указывает на молодого человека, сына (как, например, в фамилиях Бондаренко, Шевченко). В русской традиции этот суффикс встречается реже, поэтому географически фамилия Кротько чаще всего связана с территориями современной Украины, Беларуси, а также южных и западных областей России, куда переселялись выходцы из этих земель.

Основа фамилии — прозвище Крот. Давать людям прозвища по названиям животных было обычной практикой в Древней Руси. Крот — зверёк скрытный, живущий под землёй, работающий без устали. Соответственно, прозвище Крот могли дать человеку по разным причинам: за нелюдимость, замкнутость, склонность к уединению, за невысокий рост или, напротив, за трудолюбие и хозяйственность («роется, как крот»). В некоторых говорах слово «крот» имело и переносное значение — прижимистый, запасливый человек.

Менее вероятна, но возможна связь с диалектным словом «кроть» или «крота» — в некоторых регионах так называли мелкую рыбу (пескаря, гольца) или даже крошево, мелко нарезанную капусту. В этом случае прозвище могло относиться к человеку маленького роста или худощавого телосложения.

Таким образом, предок носителя фамилии Кротько — это, скорее всего, человек, которого в своей общине прозвали Кротом за особенности характера или внешности. А его потомки стали Кротьками, то есть «детьми Крота» или «маленькими Кротами». Фамилия не указывает на принадлежность к знатному роду или конкретному ремеслу, а отражает личную характеристику, данную основателю рода в быту. Среди однокоренных фамилий — Кротов, Кротенко, Крот, Кроткий, причём последняя, несмотря на схожее звучание, происходит от прилагательного «кроткий» (смирный, незлобивый), а не от названия зверька.