Фамилия Кротока звучит необычно для русского уха, и это первый ключ к её разгадке. В отличие от тысяч фамилий на -ов и -ин, образованных от календарных имён, Кротока явно стоит особняком. Скорее всего, перед нами украинская или белорусская фамилия, причём не типичная патронимическая, а прозвищная, застывшая в форме именительного падежа единственного числа.

Основа фамилии — слово «крот» или его производные. В восточнославянских говорах «кроток» могло означать не только характер человека (кроткий, смирный), но и иметь ироничный оттенок: «тихоня», «прикидывающийся безобидным». В украинском языке есть схожее слово «кріт» (крот), а суффикс -ок- может указывать на уменьшительную или пренебрежительную форму. Таким образом, Кротока — это, вероятно, застывшая форма родительного или винительного падежа от прозвища Кроток: «сын Кротока» или «человек из семьи Кротоков». Финальное -а — характерный признак украинских фамилий (сравните: Голова, Шевченко, Стешенко), где ударение часто падает на последний слог.

Менее вероятна, но допустима версия, что фамилия восходит к названию животного — крота. В этом случае прозвище могли дать человеку, который был похож на крота внешностью (невысокий, сутулый, с плохим зрением) или поведением (копошится, любит уединение). Однако слово «крот» в русском языке не даёт формы «кроток» без дополнительных суффиксов, поэтому первая версия — от прилагательного «кроткий» — выглядит логичнее.

Географически фамилия Кротока редкая. Её можно встретить в западных областях Украины (Волынь, Подолье) и на юге Беларуси, где сохранились архаичные формы словообразования. В России она почти не встречается, что подтверждает её западнорусское или украинское происхождение. В сословном плане носители фамилии, скорее всего, были крестьянами или казаками — прозвища такого типа редко давали дворянам.

Есть и альтернативная, более спорная гипотеза: фамилия могла возникнуть от тюркского корня «корт» или «керт» (червь, насекомое) через посредничество крымскотатарского языка. Но для этого нет убедительных исторических свидетельств, и объяснение через славянское «кроткий» остаётся основным. Фамилия Кротока — яркий пример того, как прозвище, данное по характеру или внешности, закрепилось в непривычной для русского уха форме и сохранило память о своих южных корнях.