Фамилия Кротокрыс — редкий случай в русской ономастике, где прозвище сложилось из двух корней и закрепилось без суффикса, то есть в чистом виде. Это так называемая «говорящая» фамилия-композит: первая часть — «крот», вторая — «крыса». В отличие от подавляющего большинства русских фамилий на -ов, -ев, -ин, она сохранила форму прозвища, которое человеку дали за характер или внешность.

Словообразовательная модель здесь необычна. В русской традиции фамилии, образованные от прозвищ-словосочетаний (типа Убейкобыла, Подопригора), часто оставались без изменения. Кротокрыс — из того же ряда. Но если в украинской и белорусской традиции такие бессуффиксные фамилии встречаются чаще (Гриб, Лис), то в великорусской они редкость. Вероятнее всего, фамилия возникла в среде, где прозвище было настолько метким, что заменило отчество и перешло к детям без дополнительного оформления.

Смысл прозвища — не в прямом зоологическом значении. В народной речи «крот» и «крыса» имели переносные значения. Кротом называли нелюдимого, замкнутого человека, который «роется» в своём деле или живёт скрытно. Крыса — скорее отрицательная характеристика: подлый, трусливый или, наоборот, пронырливый и цепкий. Соединение двух образов могло означать человека скрытного, но назойливого, или того, кто «тихо грызёт» — например, мелкого вора или ростовщика, действующего исподтишка.

Географически фамилия почти не встречается. В современных базах данных она единична, что указывает на очень локальное бытование — возможно, в одной-двух деревнях центральной России или Поволжья. В словарях русских фамилий (Б. Унбегаун, В. Никонов) фамилия Кротокрыс не фигурирует: это говорит о её крайней редкости и, скорее всего, позднем письменном закреплении (XIX век, когда крестьянам массово давали фамилии по прозвищам).

Написание фамилии устойчиво: «Кротокрыс», а не «Кротокрысов» или «Кротокрысин». Если бы прозвище дали по месту жительства или роду занятий, суффикс бы появился. Отсутствие суффикса — дополнительное подтверждение, что перед нами не искусственная семинарская фамилия (их часто конструировали из греческих или латинских корней), а народное прозвище, которое так и осталось в документах.