Фамилия Кротовский — типичный пример фамилии, образованной по модели «прозвище + суффикс принадлежности». В её основе лежит прозвище Крот, а суффикс -овск- (в форме -овский) указывает на то, что носитель фамилии — потомок человека по прозвищу Крот, либо выходец из места, связанного с этим прозвищем.

Прозвище Крот, скорее всего, давали человеку за внешнее сходство с животным: невысокому, плотному, возможно, подслеповатому или ведущему скрытный, «подземный» образ жизни. Однако не стоит исключать и ироничный подтекст — так могли назвать копателя или землекопа, чья работа была связана с рытьём земли. В словаре С. Б. Веселовского «Ономастикон» упоминаются родственные прозвища и фамилии: Крот, крестьянин, 1545 год, Новгород; Яков Иванович Кротов, псковский посадник, 1461 год. Эти ранние записи показывают, что прозвище было распространено в северо-западных русских землях и бытовало в разных социальных слоях — от крестьян до посадников.

Сама фамилия Кротовский — сравнительно позднего происхождения. Она закрепилась в те времена, когда прозвище Крот, изначально присоединённое к наследственному имени, полностью заменило его в повседневной жизни и в официальных документах. Форма на -ский традиционно считалась более «благородной» и часто встречалась у польской и западнорусской шляхты, но в XIX веке она распространилась и среди крестьянства, особенно в западных губерниях Российской империи. Поэтому носитель фамилии Кротовский мог быть как потомком псковского посадника, так и крестьянином, чьи предки получили прозвище за труд землекопа.