Фамилия Крупянов образована от прозвища или мирского имени Крупян. В её основе лежит слово «крупяной» — относящийся к крупе, то есть к очищенному зерну. Человек мог получить прозвище Крупяной, если занимался производством или продажей крупы: был крупяным мельником, торговцем на базаре или работником на крупорушке. В северных и центральных губерниях России крупу делали в основном из овса, ячменя и гречихи, так что предок Крупяновых, скорее всего, имел дело с одним из этих злаков.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую патронимическую модель: Крупянов — сын Крупяна. Сама основа Крупян — это усечённая форма от прилагательного «крупяной» с характерным для народной речи окончанием -ян (ср. Серебрян, Медян). Встречаются и однокоренные фамилии: Крупенин, Крупников, Круподеров, но Крупянов выделяется именно этой архаичной словообразовательной цепочкой, что может говорить о более давнем происхождении прозвища.

С географической точки зрения фамилия тяготеет к регионам, где было развито зерновое хозяйство и переработка. В переписных книгах XVII–XVIII веков Крупяновы встречаются среди крестьян и посадских людей Поволжья и центра России. В некоторых говорах «крупяной» могло означать не только род занятий, но и внешность — человека с лицом в мелких оспинах или рябинах, похожих на крупинки. Однако эта версия менее убедительна, так как для таких прозвищ обычно использовали слово «рябой» или «крупчатый».

Особенность фамилии в том, что она сохранила редкий для современных русских прозвищ корень, напрямую связанный с кулинарным и хозяйственным бытом. В отличие от более частых «хлебных» фамилий вроде Хлебникова или Муковозова, Крупянов отсылает к конкретному продукту, который в старину был дороже муки — крупа требовала дополнительной обработки и стоила на рынке выше. Вероятно, предок носителя фамилии был не просто крестьянином, а ремесленником или торговцем, что выделяло его среди односельчан.