Фамилия Крылаткова образована от прозвища или мирского имени Крылатый, а точнее — от его краткой формы Крылатко. В русской ономастике суффикс -к(о) характерен для украинской и южнорусской традиции: он придавал слову уменьшительно-ласкательный или, наоборот, фамильярный оттенок. Так, Крылатко — это «тот, кто крылат» или «похожий на крылатого». Полная фамилия Крылатков (женская форма — Крылаткова) закрепилась с помощью стандартного патронимического суффикса -ов, указывающего на принадлежность: «сын Крылатка».

Прозвище Крылатый в старину давали не за ангельскую природу, а за вполне земные качества. Чаще всего — за быстроту, проворность, способность «летать» в работе или бою. В писцовых книгах XVI–XVII веков встречаются крестьяне и посадские люди с таким прозвищем, например, в Новгородских и Вологодских землях. Второй возможный вариант — ироничное прозвище для человека с длинными руками, широкими плечами или выдающимся носом, который сравнивали с крылом. Третий, более редкий, связан с ремеслом: «крылатый» могло относиться к мастеру, делавшему крылья для мельниц или детали для ткацких станов.

У фамилии есть географическая привязка. По данным современных исследований, носители фамилии Крылатковы и Крылатковы концентрируются в Поволжье и на Урале — в Пермском крае, Свердловской и Кировской областях. Это не случайно: именно в этих регионах в XVIII–XIX веках активно селились государственные крестьяне и мастеровые, чьи прозвища часто отражали внешность или характер. В центральных областях России фамилия встречается реже, что говорит о её локальном происхождении.

С точки зрения словообразовательной модели, Крылаткова стоит в ряду с фамилиями вроде Горбатков, Носатков, Бородатков — все они образованы от прозвищ с суффиксом -ат-, указывающим на обладание признаком (крылатый — «имеющий крылья»). Близкие по смыслу, но не родственные по суффиксу фамилии — Крылов, Крыльцов, Крылаев. Интересно, что форма Крылатков встречается в документах XVII века, а вот Крылаткова как женская фамилия фиксируется в метрических книгах Пермской губернии уже в конце XVIII столетия.