Фамилия Ксенитова образована от женского имени Ксения, которое в переводе с греческого означает «гостеприимная» или «чужестранка». В русской ономастике это довольно редкий случай, когда фамилия происходит напрямую от женского имени, а не от мужского. Обычно такие фамилии возникали, если женщина была главой семьи, вдовой, или если имя матери становилось основой для прозвища детей — например, в случае, когда отец был малоизвестен или отсутствовал. Модель с суффиксом -ов- указывает на принадлежность: «Ксенитов» — значит «сын (или потомок) Ксении». Ударение в фамилии, скорее всего, падает на второй слог: КсенИтова.

Стоит обратить внимание на суффикс: не -ин, а -ов. От имён на -ия (Ксения, Мария, Дарья) фамилии обычно образуются через -ин: Ксени́н, Марьин, Дарьин. Вариант Ксенитов — более книжный, архаичный, возможно, связанный с церковнославянской или официально-документальной формой записи. В дореволюционных метрических книгах имя Ксения иногда писали как Ксени́я, и от такой формы фамилия на -ов выглядит естественнее.

Географически фамилия редкая и не имеет ярко выраженного «гнезда». Встречается разрозненно: в Поволжье, на Урале, изредка в центральных областях. Это говорит о том, что фамилия не массовая, а скорее локальная, возникшая в конкретной семье. Предки носителя могли быть крестьянами или мещанами: в дворянской среде такие «материнские» фамилии почти не встречались.

По созвучию фамилию иногда путают с Ксенофонтовой (от имени Ксенофонт), но корни у них разные. Ксенитова — чисто «женский» вариант, и в этом её главная особенность: она хранит память о конкретной женщине, вероятно, сильной или значимой для своего времени, раз её имя закрепилось в роду.