Фамилия Ксенникова — женская форма фамилии Ксенников, и её разбор стоит начать с неочевидного: с суффикса -ик-. В русских фамилиях этот суффикс встречается реже, чем привычные -ов/-ев или -ин, и обычно указывает на прозвище или профессию, а не на прямое отчество. Основа «Ксенник» могла быть образована от имени Ксенофонт или от его народной формы Ксеня — такое сокращение бытовало в крестьянской среде. Но есть и другая версия: в некоторых говорах «ксенник» означало «чужак» или «странник», от древнерусского «ксень» — «чужой, посторонний». В этом случае фамилия отражала не имя, а социальную характеристику предка: пришлый человек, не местный житель.

По модели образования Ксенников — типичная «патронимическая» фамилия, но с нестандартным суффиксом. Если бы её делали напрямую от имени, то получили бы Ксенофонтов или Ксенин. А -ик- здесь работает как уменьшительно-прозвищный формант: «тот, кого зовут Ксеня» или «тот, кто прозван Ксенником». Сравните с однокоренными фамилиями Ксеник, Ксенюк, Ксенофонтов — все они редкие и встречаются в основном в центральных и северных областях России, особенно в бывших новгородских землях. География фамилии Ксенникова неширокая: чаще всего её фиксируют в документах по Вологодской и Архангельской губерниям, что косвенно подтверждает версию о прозвище «чужак» — эти регионы долго оставались зоной активного переселения и приёма беглых крестьян.

Сословная принадлежность предков Ксенниковых, скорее всего, крестьянская, реже — мещанская. Фамилия не дворянская, не купеческая, её носители не оставили следа в родословных книгах. В XIX веке встречаются единичные записи о крестьянах Ксенниковых из Ярославской губернии, что связывает фамилию с Верхневолжьем. Написание с двойной «н» — Ксенников, а не Ксеников — закрепилось, вероятно, под влиянием церковного произношения имени Ксенофонт, где «н» удваивалось в народной речи. Интересно, что в современных базах данных фамилия Ксенникова почти не встречается за пределами России — это редкий случай, когда фамилия осталась локальной и не распространилась с эмиграцией.