Фамилия Кубарышкина — женская форма фамилии Кубарышкин. В основе лежит прозвище или именование Кубарышка. Чтобы понять его происхождение, нужно разобрать слово по частям, и здесь есть два основных пути, причём один из них почти наверняка верный.

Наиболее вероятная версия: корень «кубар» связан со словом «кубарь» — так в старину называли волчок, детскую игрушку, которая вертится. Суффикс «-ышк-» в русских прозвищах и фамилиях часто имеет уменьшительно-ласкательное или шутливое значение. Таким образом, Кубарышка — это человек, которого прозвали «маленьким волчком»: возможно, за непоседливость, вертлявость, быстрые движения или за то, что он постоянно был в хлопотах, «крутился», как волчок. Такие прозвища по характеру поведения — одна из самых распространённых основ для фамилий у крестьян и посадских людей.

Менее вероятная версия отсылает к слову «кубарь» в значении «небольшой деревянный шар» или «округлый предмет». В этом случае прозвище могли дать по внешнему признаку — например, круглолицему или коренастому человеку. Однако версия с поведением выглядит убедительнее: прозвища по действию давали чаще, чем по форме тела, если речь не шла о явных физических недостатках.

Фамилия Кубарышкин (и Кубарышкина) — редкая. Географически она встречается в центральных и северных областях России, где был распространён суффикс «-ышк-» в прозвищах (например, Малышкин, Голышкин). Суффикс «-ин» в окончании указывает на принадлежность: «чей?» — Кубарышкин, то есть сын или потомок Кубарышки. В отличие от фамилий на «-ов/-ев», которые образовывались от имён на твёрдый согласный, «-ин» крепился к основам на -а/-я, что как раз и даёт Кубарышк-а.

Если искать однокоренные фамилии, то ближайшая — Кубарев (от того же «кубарь»), но Кубарышкин стоит особняком: суффикс «-ышк-» придаёт ей более народный, даже ласкательный оттенок. Носитель такой фамилии, скорее всего, происходил из крестьянской или мещанской среды, где подобные «домашние» прозвища закреплялись в качестве фамилий.