Фамилия Кубикенов встречается редко, и её происхождение не лежит на поверхности. Скорее всего, она имеет тюркские корни, что подтверждается характерным суффиксом -ов, который в русской среде присоединяли к иноязычным основам, и звучанием, типичным для казахского, татарского или башкирского языков.

В основе фамилии лежит имя или прозвище Кубикен. Его можно разобрать на две части: корень «Куб» и уменьшительно-ласкательный аффикс «-икен», который в тюркских языках часто добавляют к именам, образуя ласковые или «младшие» формы (сравните с казахскими именами вроде Айкен, Еркен). Таким образом, Кубикен — это, вероятно, «маленький Куб» или «сын Куба». Само имя Куб (или Куба) могло быть сокращением от более длинных арабо-тюркских имен, например, Кубан (от «кубан» — «купол, возвышение») или Кубай, а иногда и прозвищем, данным человеку с плотным, коренастым телосложением (от тюркского «куб» — «короб, сундук», в переносном смысле — «кряжистый»).

Есть и другая, менее вероятная версия: связь с этнонимом «кубикен» — так в средневековых источниках иногда называли одно из тюркских племен (например, в составе ногайцев). Если это так, то фамилия могла указывать на принадлежность предка к этому роду. Однако в современных справочниках этот этноним почти не фигурирует, поэтому версия с личным именем выглядит убедительнее.

Суффикс -ов говорит о том, что фамилия оформлялась уже в русской языковой среде, скорее всего, во второй половине XIX — начале XX века, когда у тюркских народов Российской империи массово закреплялись фамилии по русскому образцу. Географически фамилия Кубикенов чаще всего встречается в Оренбургской области, Башкортостане и Казахстане — регионах, где исторически смешивались тюркские и славянские традиции имянаречения.

Однокоренных фамилий в России немного, что подчёркивает её редкость: Кубиков, Кубаев, Кубашев — все они восходят к тому же корню «куб», но с разными суффиксами. В отличие от них, Кубикенов уникален именно своей уменьшительной формой, которая буквально означает «сын маленького Куба» — и это главная особенность, выделяющая фамилию из ряда похожих.