Фамилия Кудерко — один из примеров южнорусских и украинских фамилий, образованных с помощью суффикса -енко, который в диалектном произношении и при адаптации в документах мог редуцироваться до -ко. В основе фамилии лежит прозвище Кудеря. В украинском и южнорусских говорах «кудеря» — это кудрявый, вьющийся человек, тот, у кого волосы лежат кудрями. Слово «кудрi» (кудри) широко известно, а форма «кудеря» или «кудёра» встречается в разговорной речи как ласкательное или прозвищное именование кудрявого человека. Таким образом, Кудерко — это «сын кудрявого» или «потомок Кудеря».

Модель образования типична для территорий, где в XVI–XVIII веках фамилии на -енко были основным способом обозначения потомка по отцу: сначала это было отчество, а затем закрепилось как наследственная фамилия. В данном случае исходное прозвище Кудеря дало форму Кудеренко, а в просторечии или при записи могло упроститься до Кудерко, что нередко для украинской антропонимии, где конечное -енко в быстрой речи звучало как -ко. Возможна и параллельная версия: фамилия могла возникнуть напрямую от прозвища Кудерко — так могли называть самого кудрявого человека, а не его сына, и тогда суффикс -ко выступает в уменьшительно-ласкательной или оценочной функции.

Географически фамилия Кудерко тяготеет к центральным и восточным областям Украины, а также к югу России, в частности к Кубани и Ставрополью, куда переселялись украинские крестьяне в XIX веке. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках носители фамилии встречаются в Полтавской, Харьковской и Екатеринославской губерниях. Социальный состав — преимущественно казаки и крестьяне, прозвище не указывало на сословную принадлежность, а лишь на внешний признак, что характерно для массовых фамилий этого региона.

Спорных версий происхождения немного: связь с тюркским «кудер» (сила, мощь) маловероятна, так как фонетика и словообразовательная модель указывают на славянскую основу. Также не стоит путать фамилию с польской «Kuderkiewicz» — это другой ареал и другой суффикс. Для носителя фамилии Кудерко наиболее вероятное объяснение: предок был кудрявым человеком, и это запомнилось окружающим настолько, что стало родовым именем.