Фамилия Кукарева образована по самой распространённой в русской ономастике модели — от прозвища с помощью суффикса -ев. В основе лежит слово «кукарека» или глагол «кукарекать», то есть кричать петухом. Такое прозвище в крестьянской среде могли дать человеку по нескольким причинам: за звонкий, резкий голос, за привычку рано вставать и будить других или за характер — бойкий, задиристый, как у петуха.

Версия о происхождении от названия птицы — самая прямая и правдоподобная. Менее вероятна связь с диалектным словом «кукара» — так в некоторых говорах называли нечто искривлённое, горбатое, но эта гипотеза слабее: в русских фамилиях звукоподражательные прозвища встречаются часто (Петухов, Соловьёв), а «кукара» — слово редкое и локальное.

Суффикс -ев указывает на принадлежность: Кукарев — сын Кукаря, то есть человека с прозвищем Кукарь. Форма Кукарева — женский вариант фамилии или, в ряде случаев, наследственная форма в северных говорах, где склонение по женскому типу закрепилось за всей семьёй. Такое написание встречается в документах XIX века по Вологодской и Архангельской губерниям, что косвенно подтверждает северное происхождение.

Сословно фамилия относится к крестьянским: прозвища от бытовых звуков и действий редко давали дворянам или духовенству. Носители фамилии Кукарева — потомки людей, которых в деревне знали по голосу или повадке, и эта меткая черта закрепилась в родовом имени.