Фамилия Кукариных образована от прозвища Кукара. В основе лежит диалектное слово «кукара» со значением «живот, богатство». Скорее всего, так прозвали зажиточного, состоятельного человека — того, у кого «кукара» была полной. Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ин указывает на принадлежность, то есть Кукарин — «сын Кукары» или «человек из рода Кукары».

Встречается и другая версия, но она менее убедительна. Прозвище Кукара пытаются связать с междометием «кукареку» — подражанием крику петуха. По этой гипотезе Кукарой могли назвать человека, который вставал рано, «с первыми петухами», или же походил на петуха повадками. Однако связь с «животом» и «богатством» выглядит более прямой и обоснованной: слово «кукара» в этом значении действительно фиксируется в русских говорах.

Фамилия старинная. В «Ономастиконе» академика С. Веселовского сохранились записи о Кукариных XVI века: Кукарин Шестак Григорьевич (середина XVI века, Медынь) и Кукарин Афанасий Юрьевич (конец XVI века, Углич). Эти упоминания подтверждают, что уже в допетровскую эпоху фамилия бытовала в разных регионах центральной России — от Медыни до Углича.

Точное место и время возникновения фамилии установить сложно: процесс формирования русских фамилий был долгим и шёл неравномерно. Но ясно, что Кукарины — не поздний искусственный ономастикон, а естественно сложившееся родовое имя, которое прошло через столетия.