Фамилия Кукарина образована от прозвища Кукара. В основе лежит диалектное слово «кукара», которое в некоторых русских говорах означало «живот» или «богатство». Скорее всего, Кукарой нарекли зажиточного, состоятельного человека — того, у кого «кукара» была полной. Это наиболее прямое и логичное объяснение прозвища.

Существует и другая версия, но она менее вероятна. Прозвище Кукара могли связать с междометием «кукареку» — подражанием крику петуха. В этом случае прозвище получал человек, который вставал очень рано, «с первыми петухами», то есть в 4–5 часов утра. Либо же так могли прозвать того, кто повадками или внешностью напоминал петуха. Однако эта гипотеза уступает первой по убедительности: связь с «богатством» встречается в диалектах чаще и не требует дополнительных допущений.

Сама фамилия Кукарина — старинная. В «Ономастиконе» академика С. Веселовского зафиксированы ранние носители: Кукарин Шестак Григорьевич, середина XVI века, Медынь, и Кукарин Афанасий Юрьевич, конец XVI века, Углич. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Кукарина — это «дочь (или жена) Кукары». В русской традиции такие фамилии сначала закреплялись за женщинами, а затем могли передаваться по наследству в неизменной форме.

Таким образом, фамилия Кукарина происходит от прозвища, которое, вероятнее всего, давалось человеку обеспеченному, а её носители жили в центральных русских землях уже в XVI столетии.