Фамилия Куклишин образована от прозвища или имени Куклыш. Основа здесь — не слово «кукла» в современном значении, а диалектное «куклыш», которое в некоторых говорах означало «узел», «свёрток», «комок» (от «кукла» — пучок, моток, ком). В этом смысле прозвище Куклыш мог получить человек плотного, коренастого телосложения, либо тот, кто носил с собой узел или занимался упаковкой товара. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Куклишин буквально — «сын Куклыша», то есть потомок человека с таким прозвищем.

Редкий суффикс -ыш в основе (Куклыш, а не Куклов или Куклин) придаёт фамилии нестандартное звучание. Такая модель образования характерна для северных и центральных областей России, где уменьшительно-прозвищные формы на -ыш были особенно употребительны. Сравните с фамилиями Малышев, Голышев, Пупышев — все они от прозвищ с тем же суффиксом. Куклишин стоит в этом же ряду, но с более тёмной семантикой корня.

Есть и другая, менее вероятная версия: от имени Куклиш как искажённой формы крестильного имени Кирилл (через варианты Курил, Курила). Однако в русской ономастике переход «Кирилл → Куклиш» не зафиксирован, а диалектное «куклыш» хорошо документировано в говорах. Поэтому версия с прозвищем, описывающим внешность или занятие, надёжнее.

Встречаемость фамилии невысокая. По данным открытых источников, Куклишины живут в основном в Поволжье и на Урале — в Кировской, Нижегородской, Свердловской областях. Это косвенно подтверждает севернорусские корни: именно оттуда в XVI–XVII веках переселенцы шли на восток, неся с собой фамилии, редко встречающиеся в других регионах.