Фамилия Куклишина — женская форма фамилии Куклишин. В русской традиции фамилии на -ин чаще всего образуются от основ, оканчивающихся на -а или -я, что указывает на возможную связь с прозвищем или именем Куклиша. Сама основа «кукл-» в русских говорах многозначна. Самое прямое и очевидное — «кукла», но в переносном смысле так могли назвать нарядно одетую женщину, изнеженного человека или, напротив, того, кто «куклится» — хмурится, капризничает, ведет себя неестественно.

Менее очевидная, но вполне реальная версия ведет к слову «кукля» — так в некоторых диалектах называли вид хлеба, каравай, а также мешок или куль. Прозвище Кукля мог получить пекарь, торговец зерном или просто человек плотного, «мешковатого» телосложения. Форма Куклиша — это уже производное с уменьшительно-ласкательным суффиксом, что характерно для северных и центральных русских говоров.

Фамилия довольно редкая, встречается в основном в центральной России и Поволжье. С точки зрения словообразования, суффикс -ин здесь стандартный, указывающий на принадлежность: «чей?» — Куклишин, то есть сын или потомок Куклиши. Ударение, судя по распространённому произношению, падает на второй слог: Кукл`ишина, хотя в некоторых семьях могут сохранять ударение на первый слог — К`уклишина, что тоже допустимо.

В отличие от более частых Куклина или Кукушкина, фамилия Куклишин (и Куклишина) сохраняет редкую суффиксальную форму, что делает её более локальной и диалектной. Вероятнее всего, предок носительницы этой фамилии был человеком с прозвищем Куклиша — либо за манеру одеваться, либо за характер, либо за ремесло, связанное с выпечкой или торговлей.