Фамилия Кукушки — одна из тех русских фамилий, которые образованы не от крестильного имени, а от прозвища. В основе лежит слово «кукушка» — хорошо известная всем птица. Прозвище Кукушка в старину давали не столько за внешнее сходство, сколько за особенности поведения или характера: так могли назвать одинокую мать, человека, который часто переезжал с места на место (куковал), или того, кто любил петь, но не имел слуха. В некоторых говорах «кукушкой» называли также человека, который остался без своего дома и жил у чужих людей.

По словообразовательной модели фамилия Кукушки относится к типично русским фамилиям на -ин. Суффикс -ин присоединялся к основам, оканчивающимся на -а/-я. Фамилия Кукушкин — более распространённый вариант, а Кукушки встречается реже. Разница в окончании объясняется диалектными особенностями или ошибками писцов: в некоторых регионах фамилии на -ин могли склонять как прилагательные во множественном числе («Чей ты? — Кукушкин» > «Кукушки»). В современном понимании форма «Кукушки» может восприниматься как родительный падеж от «Кукушка», но исторически это самостоятельная фамилия, закрепившаяся в документах.

О точном месте и времени возникновения фамилии Кукушки говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был длительным. Однако можно предполагать, что она возникла в среде крестьян и посадских людей не позднее XVII века, когда прозвища активно превращались в наследственные фамилии. Птичьи прозвища были очень популярны в русской деревне: Соловьёвы, Воробьёвы, Сорокины — все они образованы по той же модели. Фамилия Кукушки стоит в этом ряду, но отличается меньшей распространённостью, что делает её интересным памятником русской антропонимии.