Фамилия Кулынина — женская форма от Кулынин, и её разбор сразу даёт ключ к происхождению. Суффикс -ин указывает, что в основе лежит имя или прозвище, оканчивающееся на -а или -я: Кулыня. Такая модель в русских фамилиях означает «чей?» — сын или потомок Кулыни.

Само прозвище Кулыня — звучит необычно, но имеет прозрачную этимологию. Скорее всего, оно связано с диалектным глаголом «кулы́кать» или «кулы́нять», что в ряде говоров (особенно северных и сибирских) означало «пить, пьянствовать», «шататься без дела». Кулыней могли прозвать человека, склонного к праздному образу жизни или любителя выпить. В словаре Владимира Даля находим «кулыга» — лентяй, шатун, а также «кулыкать» — хлебать или пить через край. Таким образом, прозвище носило бытовой, оценочный характер, как многие русские фамилии-прозвища.

Менее вероятна, но возможна связь с именем Кульма (уменьшительное от Кузьма или Николай через народные формы Куля, Кулька). В этом случае Кулыня — ещё один вариант того же корня. Однако глагольная основа выглядит убедительнее, так как суффикс -ын-/-ин- в фамилиях чаще крепится к прозвищам, а не к каноническим именам.

Географически фамилия Кулынин (и её женская форма) редкая, встречается в основном на севере европейской части России и в Сибири — как раз в тех регионах, где зафиксированы диалектные слова «кулыкать» и «кулыга». Это косвенно подтверждает прозвищное происхождение от местного говора.

Носитель фамилии Кулынина может считать, что её предок получил прозвище за характер или привычки, а не за профессию или место жительства. Это не дворянская фамилия, а типичная крестьянская или мещанская, возникшая в XVI–XVII веках, когда прозвища закреплялись в документах и передавались детям.